محسن صفایی‌فراهانی در گفت‌و‌گو با فارس، در مورد اینکه برنامه AFC برای لیگ قهرمانان آسیا و مقدماتی جام جهانی بسیار فشرده است، اظهار داشت: «مگر فوتبال در اروپا غیر از این است؟ در آنجا، بازی‌ها به صورت فشرده برگزار می‌شود. در لیگ انگلیس، تیم‌ها در تعطیلات سال نو میلادی و کریسمس نیز مسابقه می‌دهند و اینگونه نیست که مسابقات یک‌ماه و نیم تعطیل شود.
وقتی باشگاهی حرفه‌ای می‌شود، باید برنامه حرفه‌ای را نیز بپذیرد.» وی افزود: «در ژاپن لیگ 18 تیمی دارند و آنها نیز همین شرایط را دارند اما لیگ‌شان تعطیل نمی‌شود و در مسابقات ملی مشکلی پیش نمی‌آید. در مراسم مدیران باشگاه‌ها گفتم که باید شرایط حرفه‌ای را بپذیریم.»
صفایی‌فراهانی در مورد اینکه گفته می‌شود 4 سهمیه ایران در لیگ قهرمانان با مدارک دورغین کسب شده و با این اظهارات به شعور AFC توهین شده، گفت: «این مدارک دروغین نیستند، بلکه مشکل خود را روی کاغذ حل کرده‌ایم. لیگ ما باید حسابرس داشته باشد. گزارش حسابرسی 8 سال اخیر لیگ ژاپن موجود است. لیگ ایران چنین شرایطی را دارد؟ 80 درصد از این مطالب، در آئین نامه لیگ نیز موجود است.»
وی افزود: «چرا باشگاهی مانند سپاهان باید در ورزشگاه آزادی به میدان برود؟ اگر 4 تیم حاضر در لیگ قهرمانان بخواهند در همین ورزشگاه به میدان بروند، معنایش آن نیست که ظرفیت داشتن 4 سهمیه را نداشته‌ایم؟ در کشورهای دیگر باشگاه‌ها در شهرهای خودشان برابر حریفان به میدان می‌روند. این مسائل امتیازهای منفی برای ما به دنبال خواهد داشت.»
صفایی‌فراهانی با اشاره به تصمیم جدید فیفا، عنوان کرد: «از اردیبهشت‌ماه باشگاه‌هایی که در مسابقات قاره‌ای شرکت می‌کنند، باید علاوه بر ثبت‌نام در کنفدراسیون، در فیفا نیز ثبت‌نام شوند. معنایش آن است که تیم‌هایی که در لیگ‌های حرفه‌ای حضور دارند، از سوی فیفا نیز تحت نظارت قرار می‌گیرند و باید حداقل‌های استاندارد را رعایت کنند. اگر این مسئله رعایت نشود، برای باشگاه‌های ما نمره منفی به همراه خواهد داشت.»
رئیس اسبق فدراسیون فوتبال با انتقاد از بی‌اطلاعی خبرنگاران ورزشی از نظارت فیفا بر تیم‌های حرفه‌ای، عنوان کرد: «بهتر است مطالعات خود را بیشتر کنند. این خبر جدیدی نیست که آن را عنوان کرده‌ام. فیفا آن را اعلام کرده است. خبرنگاران فقط به حاشیه‌های داخلی می‌پردازند. اینکه کدام بازیکن پایش می‌شکند یا ماشین کدام بازیکن پنچر شده، برایشان اهمیت دارد.»
